Nach dem Gespräch im Labor Null und anschließenden Fahrstuhlfahrt mit der Antiqua-KI in Pokémon Karmesin bzw. Futurus-KI in Pokémon Purpur treffen beide im Zeitmaschinenraum ein. Die KI informiert, dass der Hauptcharakter zur Deaktivierung der Zeitmaschine das Karmesinbuch (Pokémon Karmesin) bzw. Purpurbuch (Pokémon Purpur) benötigt, da in diesem die ID des jeweiligen Professors eingebunden ist. Die Deaktivierung hat allerdings einen Haken. Sobald versucht wird, die Maschine abzuschalten, wird das Verteidigungssystem aktiviert. Dieses überschreibt den Willen der KI und wird den Hauptcharakter zum Pokémon-Kampf herausfordern. Nach dem Einsetzen des Systems wird die KI in den Offensivmodus versetzt und greift an.
Nachdem die Antiqua-KI bzw. Futurus-KI bezwungen wurde, tauchen Pepper, Nemila und Cosima auf. Die KI versucht sich bei ihrem „Sohn“ zu entschuldigen, als eine Anomalie im Sicherheitssystem erkannt wird. Das Paradiesschutzprotokoll überschreibt die KI und sperrt alle Pokébälle, die nicht die ID des echten Professors tragen. Das einzige Pokémon, das gerufen werden kann, ist Koraidon bzw. Miraidon jeweils auf Level 68. Nach ein paar Runden kann der Terakristall-Orb eingesetzt werden, wodurch das jeweilige Legendäre Pokémon den Tera-TypDrache annimmt und die Attacke Tera-Ausbruch zu einer sehr effektiven Attacke macht, wodurch das gegnerische Pokémon trotz Levelvorteils bezwungen werden kann. Nach dem Kampf hat die Antiqua-KI bzw. Futurus-KI wieder die Gewalt über die Maschine und erkennt, dass die Zeitmaschine nicht angehalten werden kann, solange sie existiert. Die Antiqua-KI reist in die Vergangenheit bzw. die Futurus-KI in die Zukunft, wodurch die Zeitmaschine vollständig deaktiviert wird. Die Reisenden beschließen, den Ort zu verlassen, wodurch die Hauptstory beendet wird.
Nachdem die Indigoblaue Scheibe in das Eingangsterminal von Labor Null eingelegt wurde, wird der Fahrstuhl, der ursprünglich beim Raum mit der Zeitmaschine hielt, zum Höhlensystem Null umgeleitet, sodass der Raum mit der Zeitmaschine nicht mehr zugänglich ist.
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Kriechflügel Lv. 66
Brüllschweif Lv. 66
Wutpilz Lv. 66
Flatterhaar Lv. 66
Sandfell Lv. 66
Donnersichel Lv. 67
