„Deoxys und der geheime Tempel“ ist die einzige Mission in diesem Tempel. Die Aufgabe ist fünf Vulnona zu fangen, jedoch ist dies alleine nicht möglich, da es mehrere Doppelschalter gibt. Der Boss ist Deoxys, die Form kann variieren. Das Deoxys kann auf eine der fünf Haupteditionen übertragen werden.
