Das erste Mal taucht Latios zusammen mit Latias während des Wasser-Pokémon-Wettrennen auf, als die beiden neben den Teilnehmern herfliegen. Nachdem Latias Ash zu Fall gebracht und ihm wieder aufgeholfen hat, bringt Latios die beiden dazu, in eine Seitengasse abzubiegen, woraufhin Ash das Rennen verliert.
Nachdem Ash Latias bis in den Geheimen Garten gefolgt ist, taucht es erneut auf, da es den Garten in Gefahr sieht. Es attackiert Ash und dessen Pikachu und kann erst durch das Einschreiten von Latias gestoppt werden.
In derselben Nacht erscheinen Annie und Oakley in dem Garten und versuchen die beiden zu fangen, wobei es ihnen gelingt, Latios zu schnappen und den Herztropfen an sich zu reißen. Daraufhin machen sie sich auf den Weg zum Museum, um den VMA zu aktivieren. Dort nehmen sie auch Lorenzo und Bianca gefangen. Latias, das fliehen konnte, holt Hilfe bei Ash, welcher sich sofort auf den Weg zum Museum macht. Dort angekommen befreit er Bianca, Lorenzo und Latios, doch da der Herztropfen stirbt, kommt eine riesige Welle auf die Stadt zu. Um die Welle aufzuhalten, opfert sich Latios wie sein Vater und wird zu einem neuen Herztropfen.
Im Abspann des Films sieht man, wie zwei Latios und ein Latias über Ash und seine Freunde hinwegfliegen.
In Die Rocket-Rächer! zeigt ein wiederkehrendes Latias, das Ash gefolgt war, ihm, Misty und Rocko eine Vision von einem Latios, welches in Gefahr ist. Latias führt die Kinder schließlich in Ash und Latios! zu diesem, bevor sie von einem Pokémon-Jäger angegriffen werden, der es auf die beiden Legendären Pokémon abgesehen hat. Latias wird von ihm zu Stein verwandelt, als es sich vor Latios positioniert. Der Jäger fliegt mit ihm, doch Ash kann es im Verlauf der Episode retten und wieder zurückverwandeln, indem Pikachu die dazu verwendete Maschine zerstört. Nachdem Ash und Latios das Trikephalo des Jägers besiegt haben, hält Latias ihn fest, bis Officer Rocky ihn festnehmen kann. Abschließend verabschiedet sich Latias von Ash und reist mit Latios nach Alto Mare.
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